Лицей работает в формате школы полного дня с 8.00 до 18.30. Кроме уроков, ученики выполняют домашние задания, участвуют во внеурочной деятельности, образовательных событиях, посещают кружки, секции и клубы.
Учебный процесс состоит из трех блоков: общеобразовательный, внеурочная деятельность и самоподготовка, а также дополнительное образование. Образовательный процесс во второй половины дня, дает ученикам школы самые разные возможности за пределами их основного образования, помогает развивать знания и компетенции, необходимые для выпускника Президентского Лицея «Сириус». Китайский язык и робототехника, мечевой бой и кросс-фит, бассейн и шахматы — эти и многие другие курсы, кружки, секции входят в перечень внеакадемических программ развития в Президентском Лицее «Сириус».
Дополнительные занятия начинаются во второй половине дня, после внеурочной деятельности и самоподготовки.
Набор курсов и их количество — личный выбор каждого ученика; Участие в дополнительных занятиях второй половины дня помогает школьникам отдохнуть от основных учебных задач, в комфортной обстановке попробовать что-то новое и необычное для себя, познакомиться с учениками из других параллелей и профилей, пообщаться с разными преподавателями.